Sieh sehr nach Staub auf dem Sensor aus.
Stell' mal an der Kamera eine kleine Blende ein (z.B. 16 oder 22), wähle A als Automatikmodus und richte das Objektiv auf eine einheitlich weiße Wand ohne weitere Details. Stelle manuelle Fokussierung ein, wähle die kürzest mögliche Entfernungseinstellung (die Wand muss deutlich weiter entfernt sein) und löse aus - Verwackeln spielt keine Rolle, denn so fotografierst Du lediglich den Dreck auf Deinem Sensor.
Was siehst Du dann? Sind's nun immer noch die gleichen Flecken, nur noch deutlicher?
Wenn ja, dann ist ein Putzlauf angesagt. Hier steht's, wie's geht:
http://www.wissen.nikonpoint.de/?p=5
... nur den Tipp mit der Sensorreinigung per Isopropylalkohol und Q-Tipps, dem würde ich eher nicht folgen, denn ob die Q-Tipps selbst tatsächlich ausreichend fusselfrei sind, das weiß nur der Himmel.